矽藻土可分成然與合成兩種，市面上以天然的居多。

天然的矽藻土是矽藻生物遺骸的沈澱物，屬於礦物性黏土，礦物成份是蛋白石與黏土礦物。主要的化學成份為SiO2.nH2O(非結晶型）。因表面的Si會與OH反應，因此未經處理的矽藻土表面常帶負電，若放入水溶液中，會呈酸性。

矽藻土顏色主要由黏土礦物與有機質決定。

矽藻土真密度約為2~2.5g/cm3 ，堆積密度約為0.3~0.5g/cm3，孔隙度高達80~90%（孔隙大小為um級）。

市面上的天然矽藻土分成三種:

(1)乾燥品 ：這是將天然的矽藻土在100℃～300℃做烘乾處理，含有大量的有機物。是矽藻土純度最低的一種產品，而結晶性的二氧化矽成分也是最低的。

(2)培燒品 ：這是將矽藻土做700℃～900℃高溫處理，主要是為了去除有機物，以及將矽藻土純度提升，讓可以使用溫度提高。但是要注意結晶性的二氧化矽成分可能會被提高。適當的高溫處理，可以提升矽藻土的孔隙度。

(3)助融培燒品 ：這是將矽藻土加入助融劑後，再做900℃～1200℃高溫處理，主要是為了去除有機物，將矽藻土純度提升，並制成需要的顆粒大小。但是要注意結晶性的二氧化矽成分可能會被提高。這是啤酒或果汁過濾用的矽藻土種類。